La guerre d'indépendance est une guerre qui a commencé en l'an 458 de l'ère unifiée. Tout a commencé lorsque Athos, Certes et Thena, trois des Royaumes du Nord, ont tenté de céder du reste de l’Empire. Elyria était l'un des autres pays les plus impliqués dans la guerre. Les nations alliées (Athos, Certes et Thena) ont lancé une grève pré-impérative contre Elyria, et gagné un peu de territoire. Toutefois, le Elyrians était tout à fait certain qu'ils reprendraient ce territoire assez facilement.
Chaque royaume avait une autre raison pour se joindre à la force alliée. Certes c'est un royaume qui suit une religion du Dieu unique, et ils espéraient réunir l'Empire en vertu de cette religion. Thena est un petit royaume avec peu de place pour le développement, afin qu’il rejoint la guerre dans l'espoir de gagner plus de territoire. Athos voulait probablement plus de terres, puisque le terrain n'était pas bon pour l'agriculture.
La guerre est la chose qui a permis à Aeron, le protaganist principal de Pandora’s Tower, de rencontrer Elena. Aeron était un soldat Athosien, mais il a été blessé lors d'un des raids sur un village Elyrian en 508. Il a voulu fuir le village, mais il a trébuché et a sombré dans l'inconscience. Heureusement, il était proche du village d’Elena, situé près de la ville de Helycon. Elle le trouva inconscient et l'a ramené chez elle. Depuis lors, Aeron a vécu avec elle, malgré l'hostilité entre leurs pays d'origine.
En l'an 509, Elyria a offert un traité de paix à Athos, que le Royaume n'accepte pas. Les combats ont continué, mais pas aussi fortement, il y avait seulement quelques escarmouches près de la frontière d’Elyria.